Guerra pelo comando do tráfico

Foi travada uma grande guerra no Morro do Alemão à época em que era dominado pelo traficante Orlando da Conceição, o Orlando Jogador. Este acabou sendo morto numa emboscada por outro traficante, seu afilhado Ernaldo Pinto de Medeiros, o Uê. Nessa época o Complexo, o Comando Vermelho perdeu o controle da área durante alguns meses, para outra facção criminosa, o Terceiro Comando .

Posteriormente o Comando Vermelho recuperou o domínio sobre a maior parte do Complexo. Uma parte, entretanto, o Morro do Adeus, permaneceu nas mãos do Terceiro Comando. Mas, em maio de 2007, foi tomado pelo Amigos dos Amigos e voltou à esfera do Comando Vermelho.

A região é também conhecida por bailes funk na Chatuba e Grota, além do chamado Baile do Complexo Total. 

No dia 4 de dezembro de 2008, o presidente Lula visitou o Complexo do Alemão, em evento realizado num antigo depósito de gás abandonado, próximo às comunidades da Nova Brasília e Grota. Lá, sob forte esquema de segurança comandado pela Força Nacional, e acompanhado de diversos políticos, como Sérgio Cabral, Eduardo Paes, Edson Santos, Benedita da Silva e Tarso Genro, Lula lançou o Territórios da Paz, além de anunciar diversas outras obras de melhorias para a região.

Semanas depois, no dia 17 de dezembro, o local foi palco de uma ação social com a presença de uma equipe da Defensoria Pública do Rio de Janeiro, além de médicos e enfermeiros, animadores infantis e recreadores, pois, a cerca de trezentos metros dali, fora implodida a antiga fábrica de lingerie Poesi. Os moradores foram retirados de suas casas para evitar feridos caso alguma casa fosse atingida por resquícios da implosão. Houve algumas reclamações de truculência por parte da polícia quando esta foi retirar os últimos moradores que ainda não tinham deixado suas moradias.

Por volta de uma hora e meia da tarde, o governador Sérgio Cabral, do alto de uma antiga pedreira próxima, onde passaria uma linha do teleférico, acionou o botão que implodiu cinco dos nove galpões da antiga fábrica, onde seria instalado um centro social. Os outros galpões seriam reaproveitados pelas novas construções.